Elle regroupe 3 habitats naturels principaux : les récifs coralliens, la mangrove et les herbiers.
Les récifs coralliens et les mangroves, sont des habitats d’une grande importance. Ils sont le lieu de vie de très nombreuses espèces animales et végétales, et ils constituent une barrière indispensable qui protège nos côtes des aléas naturels (forte houle, érosion, etc.).
Ces deux milieux sont menacés par de nombreuses pressions liées aux activités.
Un autre habitat marin d'une grande importance est également soumis à cette pression.
L'herbier, aussi appelé prairie sous-marine, se développe sur les fonds sableux et permet de stabiliser le substrat et d'oxygéner l'eau.
Les herbiers sont composés de plantes marines et servent de lieu d'alimentation, de reproduction et de nurserie à de nombreuses espèces de poissons, tortues, oursins, étoiles de mer, etc.