La Directive Cadre sur l’Eau requiert un contrôle de l’état chimique des eaux, basé sur la comparaison de niveaux mesurés de concentrations de substances chimiques sélectionnées à des normes de qualité environnementales (NOE). Or, pour les éléments métalliques, les concentrations naturelles ne sont pas nulles («fond géochimique») et varient en fonction de la nature géologique du milieu. Ces concentrations pouvant parfois atteindre des niveaux importants, la DCE autorise leur prise en compte dans les eaux de surface. En métropole, de nombreuses études fournissent une littérature abondante sur les concentrations des métaux traces en milieu marin côtier, qui même si elles ne sont pas des niveaux naturels sont très faibles comparées aux concentrations de ces NQE.

En revanche, on ne dispose pas à part en Guyane de données sur les eaux côtières des départements d’outremer. L’évaluation des fonds géochimiques (que l’on peut appeler aussi concentrations de référence actuelle) dans ces régions généralement volcaniques, potentiellement enrichies en éléments traces, a donc pour préalable un échantillonnage exhaustif, à partir duquel les données acquises indiqueront si la situation est différente de la situation métropolitaine.
4 départements (La Réunion, Guyane, Martinique et Guadeloupe) et une collectivité (Mayotte) ont été échantillonnés entre septembre 2009 et mai 2010 dans des conditions requises pour la mesure d’éléments traces qui a été effectuée dans l’état de l’art.

L’étude fournit des niveaux de concentration très faibles et montre que s’il existe parfois des teneurs en métaux dissous dans ces eaux côtières qui se distinguent des niveaux océaniques, elles sont tellement éloignées des concentrations des NQE qu’il est illusoire d’en tenir compte dans ce contexte. Les niveaux de concentration des métaux traces dissous sont très faibles. Leur mesure nécessite un savoir-faire important, autant dans le prélèvement et le traitement que dans l’analyse. Une filtration est généralement nécessaire.

Toutefois l’étude présente montre qu’à l’exception de la Guyane où les eaux sont très turbides, les eaux des DOM sont très peu chargées en matières en suspension ; il est donc considéré comme risqué d’entreprendre ce type de manipulation. Le cas de la Guyane a été traité séparément. Ses masses d’eaux de transition sont des estuaires et la distribution des éléments traces en fonction de la salinité n’a pu être correctement décrite du fait de la difficulté d’échantillonner un gradient de salinité suffisamment large. En conséquence, bien que la réponse à la question sur les « fonds géochimiques » ait été résolue, la série de donnée n’est pas suffisamment étoffée pour renseigner les niveaux réels des contaminants dans ces environnements. De plus, les eaux du large sont périodiquement sous l’influence de l’Amazone, ce qui n’était pas le cas lors de la présente étude.